Resolución de huecos encontrados durante la secuenciación de una cepa mexicana helicobacter pylori aislada de un paciente con cáncer gástrico

Abstract

RESUMEN: Helicobacter pylori infecta a más del 50% de la población mundial, coloniza la mucosa gástrica, es la principal causa del desarrollo de gastritis crónica y es un factor de riesgo para la aparición de cáncer gástrico. H. pylori se caracteriza por su gran diversidad genética por lo que existen notables diferencias en la estructura y organización del genoma entre cepas provenientes de diferentes regiones geográficas. Por lo anterior, el objetivo de este trabajo fue resolver el mayor número de huecos posibles encontrados durante el ensamblado del genoma de la cepa de H. pylori CG-IMSS-2012 Previamente la cepa H. pylori CG-IMSS-2012 fue sometido a secuenciación masiva, y en el ensamblado se obtuvieron 45 contigs. A partir de un análisis bioinformático previo, se identificaron las proteínas cuya secuencia codificante era compartida por más de un segmento diferente lo que genero cinco candidatos. Se diseñaron primers mediante el programa Primer-BLAST y se establecieron las condiciones para amplificar los fragmentos mediante la técnica de PCR. Los productos obtenidos se sometieron a secuenciación automática. Una segunda estrategia es el alineamiento de los extremos de cada contig y la secuencia de la cepa H. pylori ELS37 filogenéticamente más cercana a la secuencia problema con el programa MegAlign DNAStar v5.03, con el objeto de identificar que extremos pudieran estar continuos en el genoma de la cepa de H. pylori CG-IMSS-2012; y se diseñaron los primers correspondientes para la amplificación de los fragmentos. Se amplificaron 3 productos correspondientes con la primera estrategia para finalmente obtener su secuencia. Por otro lado, el alineamiento de los extremos de los contigs ha generado 5 candidatos para diseño de iniciadores y amplificaron 4 de los 5 segmentos que se pudieron secuenciar y ensamblar. Con los ensamblados correspondientes de la segunda estrategia se prosiguió a realizar su anotación genómica, descubriendo que proteínas se encontraban en los extremos y la existencia de regiones intergenicas. Con las estrategias planteadas se ha resuelto la secuencia de 7 huecos dando el lugar a la formación de scaffolds y se redujo el número de contigs a 31 por unir acercándose al objetivo de completar el genoma. Conocer el genoma de una cepa Mexicana de H. pylori será de suma importancia en futuras investigaciones ya que podrá servir como referencia en diversos estudios en México. Representará un punto de referencia para conocer las características genéticas de las cepas que prevalecen en nuestro país. “Resolución de huecos encontrados durante la secuenciación de una cepa mexicana