Abstract:
RESUMEN: Los muestreos biológicos no invasivos han demostrado ser eficaces en estudios
genéticos y ecológicos de mamíferos marinos. En este estudio se obtuvieron perfiles
genéticos de individuos de ballena azul del Golfo de California mediante métodos
no invasivos (heces, piel descamada, soplos) como un método alternativo a colectas
semi-invasivas como las biopsias que potencialmente pueden alterar el
comportamiento de los individuos. Se analizó la eficiencia y reproducibilidad en la
obtención de datos genéticos de muestras de heces, piel descamada y
condensados de soplo de la ballena azul empleando marcadores moleculares del
sistema ZFX/ZFY para identificar el sexo, de la región control mitocondrial para
identificar haplotipos y 8 microsatélites específicos. A su vez dentro de cada grupo
de muestras se evaluó también el método de preservación (etanol al 96%,
congeladas, dimetilsulfóxido) con respecto a la cantidad y calidad del ADN obtenido.
La mayoría de los individuos empleados para el análisis, habían sido previamente
genotipificados a partir de biopsias de piel, lo que permitió contrastar la eficiencia
en la identificación de individuos a partir de muestras no invasivas como fuente de
ADN. La obtención de secuencias de ADN con calidad suficiente para la
identificación del haplotipo mitocondrial, resultó más consistente en las muestras
de piel descamada en DMSO y en etanol al 96% (88% de eficiencia global); mientras
que para la identificación del sexo, las heces congeladas obtuvieron el mejor
porcentaje de eficiencia con un 65%. Por su parte, para el caso de los microsatélites
las muestras de heces más recientes y preservadas en etanol al 96%, fueron las de
mejor desempeño, con un 31% de eficiencia global. Se infiere que el bajo éxito de
asignación del genotipo se debe al conjunto de la baja cantidad y calidad del ADN
de las muestras. A pesar de la baja calidad de ADN obtenido se logró amplificar más
de la mitad de las muestras pero realizando una amplificación del mismo producto
de PCR original. Las muestras de piel descamada y heces preservadas en etanol
recién recolectadas mostraron una mejor eficiencia en la identificación del
individuo. Se concluye que la información genética proveniente de la piel
descamada, heces y soplos de ballena azul analizados fue incompleta y requiere de
un mayor esfuerzo de tiempo y recursos económicos para obtenerla. ABSTRACT: Noninvasive biologic sampling has proven to be efficient in genetic and ecologic
studies on marine mammals. Genetic profiles were obtained on blue whale individual
from the Gulf of California using non-invasive methods (feces, sloughed skin and
blows) as an alternative to replace semi-invasive methods such as biopsies that can
potentially alter individual’s behavior. We analyzed the efficiency and reproducibility
on “data obtaining” from samples of faeces, sloughed skin and blows, using the
ZFX/ZFY system to identify the sex, from mitochondrial control region to identify
haplotypes and 8 specific microsatellites. The preservation method was also
evaluated within groups (96% ethanol, frozen, dimethylsulfoxide) in regard to the
quantity and quality of the DNA obtained. Most of the individuals used for the
analysis had been previously genotyped using skin biopsies, which allowed us to
contrast the efficiency on identification of individuals from non-invasive samples as
a source of DNA. Obtaining DNA sequences with sufficient quality for mitochondrial
haplotype identification, was more consistent in sloughed skin samples on DMSO
and ethanol 96% (88% overall efficiency); while for sex identification, frozen faeces
obtained the best result with a 65% of efficiency. Meanwhile, in the microsatellites
case, the most recent feces samples preserved in ethanol 96%, had the best result,
with an overall efficiency of 31%. We inferred that the low success in genotype
assignment was due to the low amount of quality and quantity of DNA in the samples,
despite the low DNA quality we manage to amplify more than half of the samples
performing an amplification of the same product from the original PCR. Sloughed
skin and feces samples preserved in ethanol that were most recently taken showed
better efficiency identifying individuals. We conclude that genetic information
obtained from sloughed skin, feces and blows in blue whale analyzed samples, was
incomplete and requires more time and financial resources to obtain a reliable result.
Description:
Tesis (Maestría en Ciencias en Manejo de Recursos Marinos), Instituto Politécnico Nacional, CICIMAR, 2017, 1 archivo PDF, (68 páginas). tesis.ipn.mx