La ganadería bovina es una de las principales actividades económicas de los países en desarrollo, de la cual, los principales productos obtenidos son la leche y la carne. Esta actividad es de gran importancia para el sector pecuario por lo que se han desarrollado una gran cantidad de herramientas para hacerla altamente rentable. Como cualquier rasgo complejo, las características de reproducción de ganado bovino están dadas por una gran cantidad de factores genéticos y ambientales. El entendimiento del mecanismo de interacciones entre genes podría ser una herramienta útil para el desarrollo de estrategias que puedan ser utilizadas en el mejoramiento y monitoreo de las características reproductivas. Se identificaron y priorizaron dos genes candidatos mediante la actualización y uso de una red funcional de interacción proteína-proteína llamada BosNet v2.0, utilizando el principio de asociación por culpabilidad. Ambos genes candidatos pertenecen a la familia de las ubiqutinas: Ubiquitina B (UBB) y Ubiquitina C (UBC). Con el fin de identificar variaciones de un solo nucleótido (SNV´s) en el gen UBB priorizado, se re-secuenció bidireccionalmente en individuos de las razas Wagyu, Brahman, Charolais e Indubrasil. Se identificó una nueva mutación en la región del exón del gen UBB. La variación encontrada se encuentra dentro de la zona codificante sin embargo, no modifica la estructura de la proteína debido a que se trata de una mutación silenciosa, es decir, realiza un cambio de codón pero es traducida a un mismo aminoácido.
Abstract
The bovine cattle is one of the most important economic activities in the countries on development process, the principal products obtained by this activity are the milk and the meat. The importance of this activity on the livestock sector encourage to create a big amount of tools to make it highly affordable. Like any complex trait, the bovine reproduction characteristics are given by a big amount of genetic and environmental factors. The understanding of the mechanism of the genetic interactions could be a useful tool in the development of strategies applied on the monitoring and improvement of the reproductive characteristics in cattle. Two candidate genes were identified using the upgraded version of a functional protein-protein network called BosNet v2.0, using the guilt association principle. Both candidate genes belong to the ubiquitin family: Ubiquitin B (UBB) and Ubiquitin C (UBC). With the purpose of identify single nucleotide variations (SNV’s) on the prioritized genes, the UBB gene was recuensiated bidirectionally using samples of Wagyu, Brahman, Charolais and Indubrasil razes. One new mutation was identified on the exon zone of the UBB gene. The found variation is on the coding zone, however, it doesn’t modify the protein structure because it is a silent mutation, that means the codon is changed but the aminoacid traduced is the same.
