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Genome sequencing of dengue virus isolates from México and its large-scale sequence comparative analysis

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dc.contributor.author Lara Ramírez, Edgar Eduardo
dc.date.accessioned 2018-04-30T16:30:27Z
dc.date.available 2018-04-30T16:30:27Z
dc.date.created 2014-11-07
dc.date.issued 2018-04-09
dc.identifier.citation Lara Ramírez, Edgar Eduardo. (2014). Genome sequencing of dengue virus isolates from México and its large-scale sequence comparative analysis. (Doctorado en Ciencias en Biotecnología). Instituto Politécnico Nacional, Centro de Biotecnología Genómica. México. es
dc.identifier.uri http://tesis.ipn.mx/handle/123456789/24629
dc.description Tesis (Doctorado en Ciencias en Biotecnología), Instituto Politécnico Nacional, CBG, 2014,1 archivo PDF, (88 páginas). tesis.ipn.mx es
dc.description.abstract RESUMEN: El dengue representa un importante problema de salud pública en América debido a que la incidencia de esta enfermedad se ha incrementado notablemente en los últimos años, cambiado regiones hipoendémicas a regiones hiperendémicas. El análisis filogenético del gen E en cepas del virus del dengue (DENV; serotipos 1-4) de México mostró la ausencia de introducción de nuevos serotipos en el país hasta el 2010. El análisis de genomas a gran escala enfocado en el uso de codones y usando el análisis de correspondencias reveló que cada una de las cepas de DENV1-4, incluyendo las de México, se encuentra influenciada por su origen geográfico. En un análisis de correlación en un contexto global del eje con mayor fuente de variación en los genomas contra el contenido de GC en las tres posiciones de nucleótidos (codón de GC1, GC2 y GC3), así como el número efectivo de codones indicó que la presión de mutación es uno de los principales factores que influyen en el uso de codones, pero con distinto nivel de acuerdo a la posición específica de nucleótidos en el codón. Por otra parte, nuestro estudio mostró que no sólo el GC3, sino también el GC1 y el GC2 tienen una buena correlación con el eje de mayor variación, lo que sugiere que todos los sitios de codones están relacionados con la agrupación de las cepas geográficas, incluidas las cepas mexicanas. El análisis detallado de las firmas genómicas de aminoácidos en la proteína de la envoltura de DENV-1-4 mostraron que el patrón de aminoácidos de las cepas mexicanas es muy similar a las cepas de América del Norte y América del Sur. Además, el análisis estadístico multivariado confirmó la alta influencia del origen geográfico. El análisis de epítopes permitió identificar aquellos que podrían estar relacionados con el desarrollo de la enfermedad. El presente análisis en un contexto global de secuencias de DENV, incluyendo secuencias mexicanas, revela información valiosa sobre la evolución genómica, epidemiología e inmunología de los DENV. ABSTRACT: Dengue represents a major public health problem in the Americas because the dengue incidence has been markedly increased in recent years so that the Americas have been changed from hypoendemic regions to hyperendemic regions. The E gene phylogenetic analysis for Mexican DENV 1-4 sequences showed the absence of new serotype strains in the country until 2010. The large-scale codon usage genome analysis using correspondence analysis revealed that the DENV1-4 Mexican strains are located in the North and South American clusters. This finding showed that Mexican strains, along with the other American strains, have a limited codon usage restrained by their geographic origin. In a global context, the correlation of the first axis position in the correspondence analysis of the genomes with the GC content at the three nucleotide positions of codon (GC1, GC2 and GC3) as well as the Effective Number of Codons revealed that the mutation is one of the major forces influencing the codon usage, but with distinct pressure on specific nucleotide position in the codon. Furthermore, our study showed that not only GC3, but also GC1 and GC2 have a good correlation with Axis major variation, suggesting that all the codon sites are related to clustering of geographical strains, including the Mexican strains. The detailed analysis on the genomic amino acid signatures on the envelope protein of DENV-1-4 showed that the amino acid pattern of the Mexican strains is quite similar to the North American and South American strains. Further, the multivariate statistical analysis confirmed the strong influence of the geographic origin on aminoacid frequency. Some epitopes were identified to be related to disease development. These analyses in global DENV sequences along with Mexican sequences provided new information on DENV genomic evolution, epidemiology and immunology. es
dc.description.sponsorship CONACYT, IPN es
dc.language.iso en es
dc.subject Markedly es
dc.subject Hypoendemic es
dc.subject Phylogenetic es
dc.subject Epidemiology es
dc.title Genome sequencing of dengue virus isolates from México and its large-scale sequence comparative analysis
dc.title.alternative Genome sequencing of dengue virus isolated from México and its large-scale sequence comparative analysis es
dc.type TESIS es
dc.contributor.advisor Guo, Xianwu


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