Estudio evolutivo, estructural y funcional de algunas proteínas relacionadas con el cáncer humano

Abstract

RESUMEN: En el presente proyecto realizamos un estudio evolutivo, funcional y estructural de las proteínas Hras, Kras, Nras, Abl1 isoforma A, p53 y p16 las cuales están relacionadas con el cáncer, este proyecto se divide en tres etapas: 1) el análisis evolutivo y funcional de la proteína silvestre e identificación de las secuencias conservadas, 2) la localización de mutaciones e identificación del tipo de cambio y 3) el análisis comparativo de la estructura de las proteínas silvestres con respecto a las mutantes. La primera etapa consiste en el análisis de la historia evolutiva de cada una de las proteínas silvestres estudiadas observando cómo dichas secuencias de proteínas evolucionaron, y encontrando residuos con un alto grado de conservación que son esenciales para la función biológica, así como regiones variables. En la segunda etapa se basa primordialmente en la relación entre la estructura primaria de la secuencia de las proteínas silvestres (destacando dominios funcionales o estructurales, así como el grado de conservación de cada uno de los residuos de la secuencia silvestre) con las posiciones de las mutaciones relacionadas con el cáncer humano, encontrando patrones mutagénicos interesantes en los cuales se destaca que muchas posiciones de residuos que interactúan directamente en sitios funcionales de la proteína silvestre son las posiciones de los aminoácidos en donde ocurren mutaciones relacionadas con el cáncer, también se encontró otro patrón mutagénico en el cual las posiciones de los residuos donde ocurren mutaciones relacionadas se encuentran distribuidas en toda la estructura primaria, sin embargo la mayoría de estas posiciones de los residuos se encuentran localizados en dominios estructurales. La última etapa consiste en el estudio en el impacto de las mutaciones puntuales por substitución de un solo aminoácido relacionadas con el cáncer en la estructura terciaria de las proteínas, a partir de la estructura tridimensional de la proteína silvestre, se obtienen in silico la estructura tridimensional de todas las mutantes estudiadas mediante un script especializado, se compararon la estructura tridimensional de la proteína silvestre con cada una de las mutantes. Obteniendo comparaciones de RMSD, RMS posicional, potencial DOPE, energía de los ángulos de torsión, en dichas comparaciones se obtuvo información interesante en el impacto que tienen las mutaciones puntales por substitución un solo residuo que están relacionadas con el cáncer.